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>部署毎にサイトを分けた際、組織図と登録済みユーザはサイトをまたがっても参照できるのでしょうか？

各サイトのアクセス権が適切にユーザーに割り振られていれば、そのユーザーは参照や管理を行うことが可能です。

>複数サイトへのアクセス権がある場合、いずれかの行き先掲示板を修正すると、それが他のサイトの行き先掲示板にも反映されますでしょうか？

サイト間で行先掲示板は関連付けられておりませんので、サイト毎に修正が必要です。